La Sede Canónica de la Hermandad del Santísimo Cristo de los Remedios está establecida en la Parroquia de San Sebastián Mártir (San Sebastián de los Reyes), dónde se venera desde al menos 1645 la Imagen Titular de la Hermandad, el Santísimo Cristo de los Remedios.
Este templo, que fue bendecido el 27 de noviembre de 1508, fue construido junto a la antigua ermita dedicada a San Sebastián Mártir que fue origen de nuestra ciudad, hoy en día destinada a Sacristía y Capilla de la Inmaculada.
Ampliada la iglesia en 1578 con la construcción de las tres naves principales, la Capilla Mayor fue reformada en 1599, configurando la imagen actual del templo: un edificio construido en hiladas de ladrillo con cajones de adobe y tapial, con volúmenes claros, y con una decoración muy esquemática que nos refiere a la arquitectura clasicista que se impone en Castilla con la construcción del Monasterio de San Lorenzo de El Escorial.
Se compone por tanto de tres naves, con la principal de mayor altura, separadas por arcos de medio punto rebajados sobre pilastras cuadradas de granito; Capilla Mayor con arco triunfal de medio punto; coro alto a los pies con una bella balaustrada de madera; Capilla del Bautismo en el Sotocoro; Capilla de la Inmaculada Concepción; Capilla del Stmo. Cristo de los Remedios o del Santísimo; Sacristía y torre neomudejar realizada en 1950 en la fachada oeste.
En su interior destacan los dos imponentes artesonados de la nave central y de la Capilla Mayor, datados en 1578 y 1599 respectivamente. En el Altar Mayor se sitúa un retablo neobarroco realizado en 1958, en madera marmolizada y dorada, y la mesa de Altar de mármoles variados realizado en origen en 1940 y modificado en 1970.
